Después de que Muhammad hubiera predicado públicamente por más de una década, la oposición alcanzó niveles tan altos que, temeroso por la seguridad de sus seguidores, envió a algunos de ellos a Etiopía. Allí, el gobernante cristiano les brindó su protección, y desde entonces ese hecho es recordado con aprecio por los musulmanes. Pero en Meca la persecución empeoró. Los seguidores de Muhammad fueron acosados, perseguidos y hasta torturados. Finalmente, setenta de los seguidores de Muhammad, siguiendo sus órdenes, partieron hacia el pueblo de Yazrib, en el norte, con la esperanza de iniciar una nueva etapa del movimiento islámico. Esta ciudad sería luego refundada bajo el nombre de Al Medina (“La ciudad”). Tiempo después, a inicios del otoño del 622, Muhammad junto a su amigo más cercano, Abu Baker as-Siddiq, se pusieron en marcha para reunirse con el resto de los emigrantes. Este acontecimiento coincidió con el complot de los líderes de Meca para asesinarlo.

En Meca, los conspiradores llegaron a la casa de Muhammad para encontrar que su primo, ‘Ali, había tomado su lugar en la cama. Enfurecidos, los mecanos pusieron precio a la cabeza de Muhammad e iniciaron la persecución. Sin embargo, Muhammad y Abu Baker se refugiaron de sus perseguidores en una cueva, donde permanecieron escondidos. Gracias a la protección de Dios, los mecanos pasaron por la cueva sin notarlos, y Muhammad y Abu Baker siguieron su viaje hacia Medina. Una vez allí, fueron recibidos con gran júbilo por una multitud de medinenses y mecanos que se habían adelantado para preparar el camino.

Esta fue la Hiyrah –palabra españolizada como Hégira–, generalmente, aunque de manera incorrecta, traducida como “huída”, a partir de la cual se inició la era musulmana. De hecho, la Hiyrah no fue una huída, sino que fue una emigración cuidadosamente planeada que marca, no sólo un cambio en la historia –el comienzo de la era islámica–, sino que además, para Muhammad y los musulmanes, el inicio de una nueva forma de vida.  De ahí en más, el principio organizativo de la sociedad dejó de ser el simple parentesco de sangre para transformarse en una hermandad más grande, la de todos los musulmanes.  Los hombres que acompañaron a Muhammad durante la Hiyrah fueron llamados Muhayirun –“Aquellos que hicieron la Hégira o los Emigrantes”–, mientras los que se convirtieron en musulmanes en Medina fueron llamados Ansar o “los auxiliadores”.

Muhammad estaba bien enterado de la situación en Medina. Antes de la Hiyrah, varios de sus habitantes arribaron a Meca para participar de la peregrinación anual; y como el Profeta utilizaba esta oportunidad para invitar a los peregrinos al Islam, el grupo proveniente de Medina escuchó su llamado y se hicieron musulmanes. Ellos lo invitaron a instalarse en Medina. Después de la Hiyrah, las excepcionales cualidades de Muhammad impresionaron de tal manera a la gente de Medina, que las tribus rivales y sus aliados se unieron temporalmente. El 15 de marzo del 624, Muhammad y sus seguidores se enfrentaron a los paganos de Meca.

La primera batalla, que tuvo lugar cerca de Bader –que ahora es un pequeño pueblo hacia el sudoeste de Medina–, tuvo varios efectos importantes. En primer lugar, las fuerzas musulmanas, superadas en un número de tres a uno, derrotaron a los mecanos. En segundo lugar, la disciplina exhibida por los musulmanes demostró a los mecanos, quizás por primera vez, las habilidades del hombre al cual habían expulsado de su ciudad. En tercer lugar, una de las tribus aliadas que se había comprometido a apoyar a los musulmanes en Bader, pero luego había demostrado indiferencia cuando la batalla comenzó, fue expulsada de Medina un mes después. Aquellos quienes afirmaron ser aliados de los musulmanes pero tácitamente se les opusieron, fueron de este modo severamente advertidos: pertenecer a la comunidad implicaba total apoyo a la causa.

Un año después los mecanos lanzaron su contraataque. Un ejército montado de tres mil hombres se enfrentó a los musulmanes en Uhud, un monte en las afueras de Medina. A pesar de su éxito inicial, los musulmanes fueron duramente atacados y el mismo Profeta fue herido. Ya que los musulmanes aún no estaban completamente derrotados, los mecanos, con un ejército de 10.000 hombres, otra vez atacaron Medina dos años después, pero con resultados muy diferentes. En “la batalla de la trinchera”, también conocida como “la batalla de los aliados”, los musulmanes obtuvieron una evidente victoria inaugurando una nueva forma de defensa. Del lado de Medina, desde donde el ataque era esperado, cavaron una fosa muy profunda para que la caballería de los mecanos no pudiera pasar sin exponerse al ataque de los arqueros que estaban estratégicamente colocados en el flanco de Medina. Finalmente, los mecanos fueron forzados a retirarse. A partir de entonces, Medina quedó completamente en manos de los musulmanes.