Depois de Muhammad ter pregado publicamente por mais de uma década, a oposição a ele alcançou um nível tão alto que, temeroso pela segurança de seus adeptos, enviou-os para a Etiópia.   Lá, o governante cristão lhes ofereceu proteção, memória que tem sido apreciada pelos muçulmanos desde então.  Mas em Meca a perseguição piorou.  Os seguidores de Muhammad eram assediados, abusados e até torturados.  Por fim, setenta dos seguidores de Muhammad partiram, obedecendo a suas ordens, para a cidade de Yathrib, ao norte, na esperança de estabelecerem uma nova etapa do movimento islâmico.  A cidade foi posteriormente chamada de Medina (“A Cidade”).  Mais tarde, no início do outono de 622, ele, com seu amigo mais próximo, Abu Bakr al-Siddiq, partiu para se unir aos emigrantes.  Esse evento coincidiu com o plano dos líderes de Meca para matá-lo.

Em Meca os conspiradores chegaram à casa de Muhammad e descobriram que seu primo, Ali, havia tomado seu lugar na cama.  Enraivecidos, os mecanos colocaram um preço na cabeça de Muhammad e partiram em sua perseguição.  Muhammad e Abu Bakr, entretanto, tinham se refugiado em uma caverna, onde se esconderam de seus perseguidores.  Pela proteção de Deus, os mecanos passaram pela caverna sem notá-la e Muhammad e Abu Bakr seguiram para Medina.  Lá foram recebidos com alegria por uma multidão de medinenses, e também de mecanos que tinham ido na frente para preparar o caminho.

Essa foi a Hijrah – em português, Hégira – que é geralmente traduzida, de forma equivocada, como “Revoada” – a partir da qual a era muçulmana é datada.  De fato a Hijrah não foi uma revoada, mas uma migração cuidadosamente planejada que marca não somente uma interrupção na história – começo da era islâmica, mas também para Muhammad e os muçulmanos, um novo estilo de vida.  Daqui em diante o princípio organizacional da comunidade não era o de mero laço de sangue, mas a irmandade maior de todos os muçulmanos.  Os homens que acompanharam Muhammad na Hijrah foram chamados de Muhajirun – “aqueles que fizeram a Hijrah” ou os “Emigrantes” – enquanto que aqueles em Medina que se tornaram muçulmanos foram chamados de Ansar, ou “Ajudantes.”

Muhammad estava bem informado sobre a situação em Medina.  Antes da Hijrah vários de seus habitantes vieram a Meca para oferecer a peregrinação anual, e como o Profeta costumava aproveitar essa oportunidade para chamar para o Islã os peregrinos visitantes, o grupo que veio de Medina ouviu seu chamado e aceitou o Islã.  Também convidaram Muhammad a se estabelecer em Medina.  Depois da Hijrah as qualidades excepcionais de Muhammad impressionaram tanto os habitantes de Medina que as tribos rivais e seus aliados se uniram quando, em 15 de março de 624, Muhammad e seus apoiadores se movimentaram contra os pagãos de Meca.

A primeira batalha, que ocorreu próximo de Badr, agora uma pequena cidade ao sul de Medina, teve vários efeitos importantes.  Em primeiro lugar, as forças muçulmanas, excedidas em número em três vezes, expulsaram os mecanos.  Segundo, a disciplina exibida pelos muçulmanos colocou os mecanos a par, talvez pela primeira vez, das habilidades do homem que tinham expulsado de sua cidade.  Terceiro, uma das tribos aliadas que tinha prometido apoio aos muçulmanos na Batalha de Badr, mas que então se mostrou indiferente quando a batalha começou, foi expulsa de Medina um mês após a batalha.  Aqueles que alegaram ser aliados dos muçulmanos, mas tacitamente se opunham a eles, foram então advertidos: fazer parte da comunidade impunha a obrigação de apoio total.

Um ano depois os mecanos revidaram.  Reuniram um exército de três mil homens e encontraram os muçulmanos em Uhud, um monte fora de Medina.  Depois dos sucessos iniciais, os muçulmanos foram repelidos e o próprio Profeta foi ferido.  Como os muçulmanos não tinham sido completamente derrotados, os mecanos, com um exército de dez mil homens, atacaram Medina novamente dois anos depois, mas com resultados muito diferentes.  Na Batalha das Trincheiras, também conhecida como a Batalha dos Confederados, os muçulmanos conquistaram uma vitória importante ao introduzirem uma nova forma de defesa.  No lado de Medina a partir do qual o ataque era esperado, cavaram uma trincheira muito profunda para a cavalaria mecana transpor sem se expor aos arqueiros postados atrás das fortificações.  Depois de um cerco inconclusivo os mecanos foram forçados a se retirarem.  A partir daí Medina ficou inteiramente nas mãos dos muçulmanos.